Кыргызский национальный университет имени Жусупа Баласагына является ведущим вузом в системе высшего образования Кыргызской Республики, автономной образовательно-научной структурой.

Система управления университетом адаптирована современной модели управления учреждений высшего образования. Она сочетает положительный опыт предыдушего периода и инновации, привнесенные из опыта управления университетами зарубежных (европейских) стран.

В основу структуры управления заложен принцип функциональности. Главным критерием, обуславливающим структуру управления КНУ и его структурных подразделений, является их соответствия содержанию, задачам и целям реализуемых образовательных программ. Каждое структурное подразделение университета и каждый сотрудник имеют четкое представление о своих должностных и функциональных обязанностях, зафиксированных в соответствующих уставных и рабочих документах.

КНУ активно участвует в работе по модернизации системы образования, совершенствовании учебно-методического обеспечения учебного процесса в вузах Кыргызской Республики. Совместно с Министерством образования и науки Кыргызской Республики ведет разработку государственных образовательных стандартов.

Кроме этого, специалисты КНУ принимают активное участие в создании высококачественных учебников и учебных пособий.