По данным ведомства, с 1992 года действует Соглашение о сотрудничестве в области образования между министерствами образования Кыргызской Республики и Российской Федерации, в соответствии с которым регулируются вопросы эквивалентности документов об образовании и квалификации; индивидуального приема граждан государств в образовательные учреждения; установления и развития прямых связей между образовательными учреждениями и научными организациями и т.д.
В настоящее время в российских вузах обучается 15, 8 тыс. граждан КР, из них 6,6 тыс. - за счет средств федерального бюджета.
Наибольшее количество кыргызских студентов обучается в Российском университете дружбы народов (РУДН), Национальном исследовательском университете «Высшая школа экономики», Национальном исследовательском ядерном университете «МИФИ», Санкт-Петербургском национальном университете информационных технологий, механики и оптики и Санкт-Петербургском государственном университете.
В свою очередь, в Кыргызской Республике на сегодня обучается 1580 граждан России. Наибольшее количество российских студентов обучается в Кыргызско-Российском Славянском университет им.Б.Ельцина, Ошском государственном университете, Кыргызском государственном техническом университете им.И.Раззакова, Кыргызском государственном университете строительства, транспорта и архитектуры им.Н.Исанова.