Миссия КГАФКиС заключается в реализации конкурентоспособных образовательных программ в сфере высшего, послевузовского и среднего профессионального образования, формировании кадрового потенциала страны, ориентированного на совершенствование физической культуры и спорта в Кыргызстане, развитие массового спорта, укрепление здоровья и приобщение к здоровому образу жизни различных слоев населения средствами физической культуры и спорта, а так же в предоставлении качественного образования в области ФКиС.

КГАФКиС видит себя в будущем как передовое высшее образовательное учреждение — лидера образования и науки Кыргызстана в сфере физической культуры и спорта и признанного участника образовательного процесса в стране и в международном сообществе.